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Il y a un peu plus de quatre ans, Daniel Jackson, membre du SG-1, a découvert l'adresse complète à 8 symboles de la porte des étoiles de la cité d'Atlantis grâce à un avant-poste extra-terrestre situé sur Terre en Antarctique. Une équipe internationale de chercheurs et militaires fut alors constituée et envoyée au travers de la porte afin d'établir un nouvel avant poste dans la galaxie Pégase. Au cours de leur première visite d'une planète, grâce au nouveau réseau de portes de la galaxie Pégase, l'équipe d'Atlantis découvre un nouvel ennemi appartenant à une race d'extraterrestres appelés Wraith. Ces derniers étaient en hibernation depuis des milliers d'années, mais en éliminant la Reine gardienne d'un vaisseau ruche, l'équipe du lieutenant colonel Sheppard réveilla toutes les troupes et les "récoltes" des Wraith reprirent semant la mort dans la galaxie. Ces extra-terrestres doivent en effet se nourrir des forces vitales des êtres humains et organisent régulièrement des récoltes sur les planètes de Pégase afin de se constituer de bonnes réserves de nourriture.

Il y a quelques années, le docteur Carson Beckett a créé un rétrovirus qui a rendu des milliers d'humains toxiquement mortels pour les Wraith. Ces derniers n'ont aucun moyen de savoir quel humain possède ce rétrovirus et jouent donc à la roulette russe à chaque fois qu'ils se nourissent. Cela réduit considérablement leur réserve de nourriture et ils ont entamé une guerre interraciale afin d'augmenter leurs chances de survie. Mais cela les affaiblit de jours en jours et met leur race en périle. Les Atlantes continuent cependant de les chasser mais ils savent que la nourriture sur Pégase devient insuffisante pour les Wraith et qu'ils essaieront donc pas tous les moyens d'atteindre la Terre... Mais l'expédition d'Atlantis a peut être trouver une solution pour se débarasser définitivement des Wraith. Il y a quatre ans, Moyera Soren, descendante directe des Anciens, fut enlevée par les Wraith. Gardée prisonnière dans une de leurs ruches, elle fut sauvée par l'équipe de Sheppard alors qu'elle devait être transférée vers le vaisseau Mère à bord d'un croiseur. Très vite, Jennifer Keller découvre que l'ADN de la jeune femme l'immunise contre les Wraith et qu'elle possède donc en elle l'ultime arme contre eux. Si les chercheurs d'Atlantis réussissent à composer un sérum à partir de son ADN, ils pourraient créer la meilleure défense contre les Wraith car ils ne pourraient plus se nourrir d'aucun être humain. De plus, ce sérum serait, à priori, sans conséquence sur les humains et pourrait peut être même leur offrir des dons. Les recherches sont loin d'être fructueuses et pour l'instant aucun résultat n'a été concluant.

Les Wraith connaissent les intentions des Atlantes mais affaiblis par le manque de nourriture et leur guerre interraciale, ils ont décidé de s'allier aux Geniis grâce à un marché que ces derniers ne pouvaient refuser. Les Gennis ont pour mission de les aider à détruire les Atlantes, à capturer Moyera mais aussi à trouver les coordonnées de la planète Terre. En échange, les Wraith épargneront leur vie et leur donneront le contrôle de la galaxie Pégase grâce à leur technologie tandis qu'eux prendraient le contrôle de la Voie Lactée. Du moins c'est ce qu'ils ont promi...

Parrallèlement à cela, Rodney McKay a remarqué une baisse d'énergie de la Cité d'Atlantis qui pourrait, à terme, soit faire perdre à la Cité tous ses systèmes de sécurité soit provoquer une surcharge des générateurs à naquadah d'Atlantis. Dans les deux cas, cela signifirait la perte de la Cité. Mais comme si cela n'était pas suffisant, Rodney a également remarqué que cette baisse n'était pas naturelle. Le ZPM principale (source d'énergie de la Cité) semblerait avoir été saboté depuis plusieurs semaines, progressivement et lentement pour ne pas éveiller les soupçons. Ainsi, il est désormais trop tard pour le réparer et la seule solution est de repartir à la recherche d'un autre ZPM sur les planètes de Pégase. Cette quête est donc devenu l'un des objectifs principaux des Atlantes mais une autre quête anime certains d'entre eux. Rodney n'a en effet pas annoncé publiquement qu'un sabotage avait été commis pour ne pas faire fuir l'espion ou le traitre. Seuls Samantha Carter et l'équipe de John Sheppard sont au courant qu'un ennemi se trouve parmi les habitants de la Cité. Depuis quelques jours, ils mènent discrètement leur enquête pour le démasquer. Moyera Soren, Keegan Wayde et Kayleen Saha sont leur principaux suspects...